Bokeh: Reemplazando bokeh.charts

En mi libro de Python tengo ejemplos de gráfico en Bokeh. Los ejemplos los pueden ver en este repo público: https://github.com/Serulab/Py4Bio
El problema es que un módulo de Bokeh fue deprecado y ya no anda mi código.
Por ejemplo este programa:

Produce este grafico

https://github.com/Serulab/Py4Bio/blob/master/samples/scatter.png

No funciona porque no está mas bokeh.charts en las versiones nuevas de Bokeh.
Asi que estoy convirtiendo esto con el modulo plotting, y llegué a esto:

que produce este gráfico:

https://github.com/Serulab/Py4Bio/blob/master/samples/bokeh_plot.png

Como pueden ver están los datos pero falta que se distingan según 2 parámetros, uno para forma y otro para color, algo que antes podía hacer sin problema.
¿Alguien sabe de Bokeh como para producir ese mismo gráfico?
Una solución es decir que usen un Bokeh viejo, pero me parece mejor adaptar mi código para que funcione en la última versión.

Ya casi lo tengo, falta la legenda, pero lo importante que es seleccionar colores y markadores en función de los datos ya está logrado:

Mas tarde actualizo el código en el libro y en las Jupyter notebooks.